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故事的開端，死亡擱淺1結束後的11個月，BB路跟Sam在墨西哥藏匿了起來，而Sam很明顯是在開若爾網路外繼續當送貨員來獲取資源養大路。直到Fragile（斐若婕）突然找上門希望Sam能幫忙把墨西哥連上開若爾網路，Sam也調侃她難得走正門，Fragile也坦承她得到了Jump Shock（順移症候群），現在幾乎無法再利用能力傳送了，她也解釋了現在美國的現況，Sam曾服務的Birdges在全美連上網路後就半退場了，之前認識的朋友們也分道揚鑣。Deadman(亡人）, Heartman（心人），幫忙設計開若爾網路的Lockne跟Mama（勒克妮 ＆ 瑪瑪）也離開了，Die-Hardman（頑人）也不再是UCA（死亡擱淺後的美國政府）的總統了，配送工作也由機器人跟APAS系統接手。而Fragile參與了一個組織叫DRAWBRIDGE（桌布橋），仔細看他們的Logo可以看到一行小字，Both stick and rope, to protect and connect together, for tomorrow. 就如第一代死亡擱淺引述的話一樣，棍子拿來驅趕邪惡之物，繩子連結美好事物，最後一句的for tomorrow ，回來看到這句話時也是會讓人莞爾一笑，至於為什麼就後面再說。
這次任務也是由UCA委託Drawbridge來處理，也提出Sam幫忙的話就可以免除擅自脫離組織的罪責，但小路的狀況比較複雜，所以還要再交涉。
而墨西哥的狀況也非常糟糕，在時間雨，BT和虛爆的威脅下，確實是需要連接網路來避免進一步惡化。於公於私，Sam就承接了這次任務。
第一章 Sam
在我們連接墨西哥時，Sam遇到了Deadman留下的全息投影。
在過去，Deadman因為是人工孕育的生命，缺少的內臟也是移植死人內臟，所以他一直擔心跟一般人不一樣，不會有靈魂，不會有冥灘。在前作的整個過程中與Sam跟BB路創造了非常深的連結。
Deadman利用了全息投影留下了世界局勢的訊息，美國不管是想走空路或海路都受到開若爾物質的阻礙，南美洲北邊也被一大片焦油海截斷，美國也就無法跟世界上其他地方有交流，但在Sam連結全美後，在墨西哥竟出現了板塊門（傳送門），在多次小心翼翼的測試後才知道板塊門對面居然是澳洲。
Deadman也追查了路的序號奇怪之處，BB-28照理說在紀錄上已經在四年前銷毀，所以Sam一直揹著的小路在政府資料上來歷不明，也就沒人知道路的存在，自然也不用擔心小路被抓去研究。
在這裡，Deadman也告訴我們在他所剩不多的生命裡一直在研究冥灘，而在能生出板塊門的這裡到處都充滿著冥灘的資料，而Deadman也發現自己也有冥灘，這對玩過一代的玩家，在開頭這裡得知這個事情絕對是一大安慰，Deadman也有生命歸處。
Deadman也準備了一包禮物要給路，裡面有小孩必打的疫苗跟路喜歡的玩具。
最後Deadman的訊息也表明他在發現自己的冥灘時也發現自己是Dooms體質（特異能力者），有Dooms體質的人都會有開若爾物質過敏，大都以流淚或皮疹體現症狀。而Deadman就在全息投影最後一幕邊流淚邊跟Sam告別，前往自己的冥灘。
之後Sam就一路趕回家，並在路上得知自己的庇護所遭受攻擊，路上還有紅色機甲攻擊他，但這時出現了一個大型武士機甲解決了所有敵人，這個紅色武士其實就是Deadman，但在初期我們是不知道的。
可惜回家後路跟Fragile都不見了，只在附近地上找到生還的Fragile，她表示因為無法把路當成物品，也就沒辦法帶著路一起傳送，並說後來她只能單獨把路傳送走。給我們玩家看的回憶中也沒顯示小路被殺了，但這時Sam看到有如BT的小手印鑽進BB艙中，至此我們知道路應該死了。這樣推斷合理的地方是，在一代時Mama（瑪瑪）就有一個BT嬰兒，所以自然而然我們也不疑有他。
第二章 路 ( LOU )
噩耗過後，Sam在惡夢跟現實中不斷自殺，因為他的體質是Dooms回歸者，根本就不會死。
他只能在酗酒跟自毀的交叉下發洩情緒。所以Fragile就邀請他上DHV麥哲倫號，繼續完成把澳洲連上網路的任務。
第三章 桌布橋（DrawBridge）
Sam在船艦上酒醒過後，洗漱照鏡子時還看到小路在身後的幻象，但不等他多想，Fragile就進來給他介紹了麥哲倫號的內部設施，並說Drawbridge有一個很大方的金主，Sam懷疑說聽起來是UCA的大人物，Fragile說她也沒見過金主，但只要對方信守承諾，Drawbridge就不會多問。艦橋上我們認識了Tarman （焦油人），他是主要的掌舵人也是一個有DOOMS體質的人，他的手隨著兒子被BT吞噬，所以才能感應焦油流向，他身邊也總是跟著一隻黑色的焦油小貓，其實整個劇情都沒實際交代小貓的由來，但有很大的機率是Tarman死去的兒子，而船艦在行駛時基本上都在地下的焦油流裡，所以每個人都是灰色的。Sam也在這遇到這一代最親近的戰友Dollman（偶人），他的KA（靈魂）卡在了玩偶裡面，偶人其實在這也說了，Sam手上的那個圓艙是空的。那我們看到路爬進圓艙的畫面又是甚麼呢?
為了讓麥哲倫號穿過板塊門，Sam必須要徒步穿過板塊門用Q-pid連接第一站，正如前作一樣，Q-pid是只有Dooms體質的人才能攜帶，因為上面有大量的開若爾物質，Q-pid上有六個東西串在一起，每一個的外表都刻上了物理學方程式，有反應擴散方程式，狄拉克方程式，希格斯場方程式，愛因斯坦場方程式，量子糾纏態，史瓦西半徑，都跟量子力學，引力、黑洞和場這個物理學概念有關，而這一代的Q-pid形狀像埃及棺槨一樣，這個形狀也貫穿了整個故事線。
當Sam靠近板塊門時，他發現有一群紅色長袍的人抬著紅色棺材穿過板塊門，紅色的外觀讓人想起襲擊Fragile跟路的人，其實裡面躺著的就是Higgs（席格斯），他沒在一代結局中真的困在冥灘，而這些像信徒的人應該也只是機器人，至始至終Higgs的手下都是一些冥灘來的機器人。
連接第一站後，Drawbridge（卓布橋）的金主決定見Sam一面，但他只以自稱Charlie（查理）的假人來示人，Sam對此很不滿，畢竟在過去的經歷那些高層大都各藏鬼胎。查理看到Sam懷疑的態度就說不然我把臉換成你熟悉的朋友吧，其間的選項有Deadman，Heartman，Lockne，Die-Hardman，都是過去的老朋友，不管你怎麼選，Charlie只會同意你選Diehardman，其實很多好故事在開頭都會直接或間接告知讀者事實，而這邊是完全不演了，其實Charlie就是Die-Hardman，只是他現在還不能現身。
在解釋了UCA現在已經沒有總統了之後，現在國家的管理主要是由APAS系統接手，而管理APAS的民間組織就是APAC，接著APAC的President直接出現在艦橋上，感謝Sam的幫助，並說服Sam能繼續把澳洲連上開若爾網路。其實President出現時有幾個異象，一個是焦油小貓對他哈氣，有短短的一幕President身上有冥灘的小螃蟹在爬，Sam還看到Amelie（亞美利）的幻像，她身為滅絕體在一代結局時把自己鎖在自己的冥灘，不讓人類過早滅亡，但相對的她也必須在冥灘忍受近乎永遠的孤獨。所以儘管President才剛現身，就可以確定其實這人身上有鬼。
在這裡Sam也沒有理由拒絕任務，只能走一步算一步。而每次Sam連結BB艙的時候都會有滲透效應發生，看到一些BB過去的回憶。而這些幻像都是真相的碎片，只是太短暫了無法窺其全貌。
在這一章我們會確定紅衣人的身份就是Higgs，這次他帶著冥灘的機甲產物來向Sam復仇，那是冥灘的技術，一種未知的技術，至少現階段還是。在西堡結Higgs招喚出了大型機械章魚來襲擊Sam，那是一種跟BT不一樣的產物。他的風格也一樣這麼荒誕，一點都沒變，在跟Sam的對話中還炫耀他從小路房間搶來的補夢網，所以幾乎可以確定，他就是攻擊Fragile 跟小路的人。
解決了章魚後，由於Higgs嘲諷Sam說他對於路一無所知，加上之前Deadman留下的訊息，Sam要求Fragile 去調查小路過去的紀錄，而查到的也跟Deadman說的一樣，在前作時屍體焚化部的Igor死前交給Sam的BB-28是在兩年前，時間根本對不起來，也就是路是直接繼承了BB-28這個號碼，真實的來歷卻被隱藏了起來。
在這之後Sam的任務之一就是去接一個重要的夥伴，她比Sam還早加入Drawbirdge，也就是Rainy（蕾妮），我們第一次見到她時就看到她在時間雨下玩耍，彷彿時間雨的老化效果對她沒有影響一樣。
第四章 雨滴 RAINDROPS
船艦上，在Rainy跟Fragile一頓噓寒問暖後，Sam接了一個營救袋鼠的任務，自從時間雨開始肆虐，冥灘的物質讓野外動物不斷進化，保持物種多樣性與研究動物就變成了重要的工作，這次Sam要在山火裡把袋鼠帶回動物收容所。我們在Rainy招喚時間雨撲滅山火後，終於知道為甚麼Rainy是Drawbridge的一員，她真正的能力其實是招喚”核心雨”，在過去人們不懂她的能力，只知道她所到之處都會下雨，自然被周遭的人所厭惡。
在回憶的片段裡，Fragile在Rainy站在橋邊猶豫要不要往下跳時找到了她，而有一幕Fragile因時間雨老化的手被Rainy招喚的核心雨治癒，Rainy的Dooms體質絕對是非常珍貴的能力。至於為甚麼Fragile皮膚會老化，是因為在前作，Higgs逼迫她殘酷二選一，選擇逃跑讓Higgs用核彈把城市毀滅，或是走入時間雨中，Higgs就會罷手不引爆核彈。而Rainy的出現終於治癒了Fragile脖子以下老化的症狀。
在鑑橋上，Fragile也解釋了核心雨，在Rainy半徑1.5公尺內的雨都能把所有東西恢復正常，抵銷時間雨的效果。但Rainy在過去參加了UCA的人工孕育計劃，她想說懷孕有了孩子就能找到人生的意義，但周遭的惡意完全沒有停止，除此之外很不幸的，Rainy也患有靜胎症候群，在死亡擱淺後有許多懷孕的女性都患有這種症狀，胎兒都會停在七個月左右就停止生長，但不是單純的停止生長，而是子宮裡的時間就像停止了一樣，目前還沒找到任何治療的方法，Sam在墨西哥連接網路時也遇過類似的倖存者。
後來麥哲倫號因為焦油流不穩定而無法前進，所以Sam就只能單獨往前調查，在那裏我們看到這一代獨有的焦油瀑布，但就跟前作的Cliff一樣，Sam也被捲進類似的世界，在前作Cliff是Sam的親生父親，所以才有這麼多連結跟異象。但這次Sam在裡面遇到的男子又是誰呢?
第五章 Conflagration ( 大火 )
第一次遇到Neil是在一個放着煙火的戰爭城市裡，到處都放著煙火，街上充滿著火焰與煙硝，如此衝突的場景其實就跟Neil小時候第一次遇到Sam的前妻Lucy有很大的相似之處，很明顯，在焦油瀑布裡的應該都不是活人，何況還有前作Cliff的前車之鑑，加上Neil出場就領著一群骷髏士兵。
有時候一個冥灘並不會只專屬一個人，如果一群人死亡前有共同的強烈連結，他們的Ka（靈魂）就會一起被困在特殊環境中，譬如同一個戰場犧牲的士兵跟人們就可能會共享一個特殊的冥灘，儘管那裡面並沒有海灘。
在這裡Sam也遇到了另一個有實體的女孩走在街上，而她就是未來的另一個夥伴Tomorrow 。
在Sam擊敗Neil後，Neil倒在地上把頭上的頭巾解開拿在手上，嘴裡同時也含糊不清地說著Nil…vana，偶人這時候卻誤解成Nirvana，也就是佛教裡涅槃的意思。其實那頭巾是跟Lucy有關的圍巾，而Lucy就是Sam已過世的前妻，Neil因為執念從來沒有消逝過，他想告訴Sam他是誰。
隨後我們也看到剛剛的實體女孩躺在地上，那樣子就跟Lucy小時候在戰場上卡在石柱下一樣，那也是這場景另一個寓意。隨後天空中掉下一個東西引起爆炸，地上的女孩變成了一個像是埃及棺槨的東西。
回到現世後，Sam被一隻野生動物咬醒，而棺槨也被牠的同類們咬穿面部的外殼，偶人建議最好把棺槨帶回麥哲倫號好好研究。
第六章 Chrysalis ( 蛹 )
在Tarman跟Fragile一頓操作下，把棺槨破壞並稍微清理了裡面的女孩，但是女孩手臂上卻有類似開若爾疹的症狀，不過疹子裡會伸出尖刺，不小心被噴出來的液體濺到的Fragile，皮膚上還出現老化的症狀。
在大家好不容易清理完棺槨的焦油物質並讓女孩睡著後，女孩卻飄在空中，Tarman推斷她有Dooms體質，在睡夢中會連接冥灘導致大量開若爾物質出現，所以她會浮在半空中，就像Sam每次連接開若爾網路時都會飄起來一樣。儘管Sam是在死者的世界找到她的，但經過血液跟DNA檢測，她卻是活生生的人類，Fragile認為她是出生在亡者世界的人，並為她取了名字，Tomorrow。
在之後我們可以看到Tomorrow跟Rainy，Fragile相處的片段，‘’左手手腕還纏着繃帶‘’
的Tomorrow不但不喜歡穿鞋子，不喜歡講話，喜歡吃手指，只吃隱生蟲，就像個孩子一樣。
隨著Sam來來回回忙著連接開若爾網路時，我們還可以看到Rainy幫Tomorrow梳頭髮，還一邊唱Raindrops are falling on my head. Sam經過時還在旁邊偷聽並學著唱，讓所有人都傻眼。
還有一次Sam回來時碰到Tomorrow想出去，Fragile勸道外面很危險，必須要留在船上。Rainy 也拿着一籃梨子想安慰Tomorrow，但Tomorrow拿在手上的梨子卻瞬間腐爛，沮喪的她只能跑回房間。
在一次會議中，大家在討論Tomorrow要怎麼辦，Tarman認為如果她的家人在亡者的世界，我們還是可以送她回去，焦油流還在那裡。Rainy則說跟家人在一起未必會幸福，因為她自己就是被家人趕出來的，Fragile也認為我們必須照顧她，她畢竟是活生生的人。Sam最後下結論說，Tomorrow 來的地方跟地獄一樣，原文是It’s like hell hole. 所以我們要把她留在船上照顧。但這次討論卻被門外的Tomorrow 聽到了。
後來Fragile跟Tarman通過廣播告訴Sam，Tomorrow 不見了，Tarman也表示她好像沒打過任何疫苗，所以他事先就把Deadman留給路的疫苗給Tomorrow打了，至少不用擔心她在外面感染疾病。
在Sam 尋找Tomorrow 的路上突然被幽靈機甲襲擊，這是很重要的片段，Tomorrow 展現了她腐化萬物的能力，她不但可以在地下焦油流裡自由活動，還有異常靈活的身法，也許這是她在亡者世界學的，但很可惜，我們沒有任何線索得知，至少在這一代沒有任何解釋。她用自己的能力打敗了一群幽靈機甲，算是救了Sam一次。
在戰鬥後，Tomorrow 對Sam說她好像沒有任何地方可以去，也懷疑自己到底是不是活著，甚至不知道自己有沒有家人，還問Sam有家人嗎，Sam只說有啊，但已經不在了，同時幫Tomorrow 穿上鞋子，回到船艦後，看到Tomorrow 身手的Fragile，就問Tomorrow要不要幫Drawbridge 工作，當然也是找個理由留下Tomorrow，前提是要她先學會控制自己的能力，Rainy也把大家都有的輔助戒指交給Tomorrow。
在這之後，Sam要去老朋友Heartman（心人）的實驗室，也順便把他的實驗室連接上開若爾網路。心人為了尋找妻兒每21分鐘都會前往冥灘3分鐘，這一次他有了外機械骨骼，所以不用再擔心突然昏倒了，但隨著一次一次的死亡再電擊心臟復活，讓他的心臟逐漸逼近極限。每次復活，他都會從淚腺裡收集冥灘的水交給水文學家，也紀錄冥灘座標來尋找妻兒的靈魂。
這個實驗室的另外一個人就是水文學家，她一樣有21分鐘症候群，每21分鐘就會想吐，所以她不喜歡見人，只經過暗格把眼淚收走，送了Sam一個讚表示歡迎，而設施裡面也有能和緩嘔吐症狀的溫泉，她的兩個女兒也都有21分鐘症候群，Sam在連接網路時都會碰到他們，這三人各自在自己的基地進行不一樣的研究，也算是女承母業了，而目前人類還對這個現象不了解，至少這一代還不能治癒。
離去時Heartman 拖著一個類似行李箱的東西就要登上麥哲倫號，Sam問你就只帶這些東西？Heartman 只說我需要的東西都在麥哲倫號上了，這個只是我的一個保險。其實裡面是Deadman的心臟，Deadman在前往冥灘後把自己的心臟送給了Heartman，也為之後的重聚埋下伏筆。
在船上Heartman說最近他跟Fragile不斷收到屬名心人的信，但是他卻不記得有寄過這些信，信裡是有關小路的調查報告，還有UCA當初在研發開若爾網路的秘辛，七個月大的嬰兒是人類與冥灘之間的橋樑，一開始的時候是需要犧牲這樣的嬰兒才能建立開若爾網路的，而當時有十個這樣的BB，路就是其中一個，但信裡的資料表明美國政府只用了9個Bridge Baby，而且就如Deadman所說，路繼承了BB-28這個序號，但真正的BB-28在四年前就被銷毀了，不過現在的開若爾網路已經不再需要犧牲靜胎了，這些秘辛也終於在這段劇情中被揭露，也算是交代了開若爾網路被建立的始末。
第七章 POD ( 圓艙 )
自從Tomorrow穩定了之後，Sam會在船艦休息時看到Rainy、Fragile跟Tomorrow互動的情況，期間Tomorrow也曾說，在她長大的地方所有的事物都不會改變，這一句是少數Tomorrow描述她長大的地方，整個過程我們對她長大的過程知之甚少，劇情也沒有交代，只是會發現隨著故事發展，Tomorrow越來越健談，跟大家的羈絆也越來越深，也包括Rainy常常拖著Sam一起教Tomorrow的益智問題，雖然Tomorrow一臉不情願的樣子。
後來Sam在連接開若爾網路時認識了為母，她的Dooms體質賦予她能用開若爾手將靜胎症候群的胎兒暫時移出來檢查，但只能維持很短暫的時間，她也曾經將靜胎移至BB圓艙中，這樣魯莽的舉動也造成了夥伴孩子的喪生，靜胎在圓艙中的心跳只維持了三分鐘就停止了，但儘管如此，也有越來越多靜胎症候群的母親找上門來，這次找上Sam是希望他能夠摧毀附近的武器工廠，這樣為母的庇護所在未來就會少受到外面的人騷擾。離開前為母用她的手穿進Sam的肚子裡拿出了子彈，其實這顆子彈是一代時的劇情，在Sam還是嬰兒時，Sam的父親Cliff跟他一起中彈，Sam在過去也是被實驗的嬰兒之一，而當時受命開槍的就是Die-Hardman（頑人）。之後身為滅絕體的Amelie把嬰兒Sam送回人世，從而將死者世界撕開更大的裂口讓更多的BT進入人世，也進而造成Sam的回歸者體質，而Sam也被Amelie的Ha（肉體），也就是美國前總統Bridget撫養長大，期間Amelie與Sam培養的感情是意料之外，最後導致滅絕體的Amelie放棄提早實施這個世界的第六次大滅絕。
當Sam搗毀武器工廠時會發現也有幽靈機甲在守護工廠，如無意外就要出意外了，當搞定一切時Higgs又憑空出現，但一如往常，儘管已經控制住Sam，他還是要長篇大論一番，其中他說了一句話，”只要懂得運用槍枝和暴力，就能掌控全世界，這道理萬古不遍” ，狠狠諷刺了現在的時局。
但當Higgs檢查Sam的BB圓艙時，臉上也出現驚訝的表情，還嘲笑Sam到現在還不知道實情，Higgs的回歸肯定是要對Sam復仇，這次他從身上掏出了會不斷勒緊的機械腸子，想讓Sam一次又一次的窒息死亡，因為Sam根本不會死，他只想折磨Sam。
突然間，紅色武士又憑空出現來拯救Sam，如之前所解釋，這人其實就是Deadman所操控的機甲，但這次紅色武士會發出嬰兒的笑聲，讓當時的我相當困惑，讓我還在猜這是不是路的分身，Higgs也自言自語的說，”這個人跟我一樣!”，其實他是說一樣從冥灘用機甲返回人世。
不過Higgs很快就被手下的幽靈機甲救走，當Sam質問紅色武士是誰時，紅色武士只放了一段嬰兒安眠曲，接著就用武士刀劃地為圈消失不見。
這期間回去船艦的時候會碰到Rainy跟Tomorrow在用鞋子玩預測天氣遊戲，原本的日本習俗是用木屐，這時Sam也想玩，但發現自己的鞋子太緊踢不出去，超級好笑。但一切都表明，Tomorrow越來越活潑，也表現得越來越像正常人。
Heartman也抱怨他的房間會出現積木，還問Sam船艦上是不是有小孩，偶人說應該是Tomorrow，畢竟她對所有的事情都很好奇。
在連結東堡結後，又出現了焦油瀑布的現象，這次Sam一靠近，一個焦油形成的Neil就把他的手握住，往上捲進了焦油瀑布裡。
第八章 Deluge ( 洪水 )
這次是第二次，我們還沒搞懂每次進來這個亡者世界是甚麼原因，這次戰場是在水下，當我們擊倒Neil時，他嘴裡喊著 ”路，路在哪裡?” 這次Sam在他身上搜出了證件，但在最後被地上包包裡的假娃娃炸彈炸得不醒人事，醒來之後就回到現世了，在Tarman聯絡Sam時還說了我們只失聯了幾秒鐘，偶人說那個地方大概跟冥灘一樣時間流速不一樣。
靠著拿到的證件，Fragile 找到了他的身分，是一個名叫Neil Vana的送貨員，隸屬於早期的Bridges，秘密幫Bridges走私一些敏感的物品，他的卡片也查出可以進入一些設施，也跟BB實驗室有關，更重要的是，他跟Sam都在同一個時間段去同一個設施找心理治療師，紀錄上他死於一場虛爆，而那場虛爆Sam是唯一活下來的人。
而且查到Neil是Sam前妻Lucy的治療個案，檔案中還有他們的合照，當時Lucy還懷著孕，但Sam說道”那不是我的孩子，她親口對我說孩子不是我的，我沒有孩子。"
說完就轉身離去，顯然這段經歷Sam還耿耿於懷，誰又能對背叛輕易釋懷呢?
而在連接BB艙的時候，滲透效應裡甚至看到了Lucy相關的回憶，每一次的滲透效應都揭露了一點碎片。
這一章我們可以看到Tomorrow在用蘋果練習時間能力時越來越熟練，其中一次還分了Sam一顆唯一成功的蘋果，只不過當下次Tomorrow成功催熟所有蘋果時反而不分Sam吃了，雖然好笑，但也暗示Tomorrow成為戰力的那一天到來。
另外，Sam在搗毀另外一座幽靈機甲武器工廠時，資料裡發現他們運送的路線跟APAC使用的路線高度重合，Tarman跟Fragile 極度懷疑Higgs背後的指使者是APAC，也建議大家以後在跟President往來時要小心一點。
而另一件事一直困擾著Fragile，她告訴Sam，Haertman常常會在船艦上夢遊，晃來晃去不知道在做什麼，要Sam多注意一下。
有一天晚上Sam被吵醒，突然發現Heartman在走廊走動，沒想到過去攀談時他居然說自己是Deadman，原因就是，Heartman 已經開始在使用Deadman留下的心臟了，那也是為什麼當Heartman前往冥灘時，Deadman可以利用這三分鐘使用他的身體，而那些署名心人的秘密信件就是Deadman寄的，因為在冥灘反而更容易進入資料庫去查BB路過去的紀錄，Deadman也坦承是他把路過去的紀錄都刪掉了，就是為了讓Sam跟路可以重新開始，只不過一場襲擊一切都變了。這時三分鐘已到，偶人自願留下來跟回來的Heartman解釋情況。
第九章 Puppets ( 傀儡 )
自從Drawbridge開始懷疑APAC後，President有時候會用加密頻道跟Sam通話，試圖說服Sam一切可能跟UCA有關，也狡辯自己也很擔心武器流竄各地的情況，還囑咐Sam不要讓其他人知道自己偷偷聯絡他。
除此之外Rainy時間過長的靜胎症候群也導致了她精神不穩定，於是只能帶她去找為母，讓她親眼看看自己的孩子還是健健康康的，這給她帶來安慰。但之後為母叫住了Sam，表示自己想再檢查一次路的圓艙。
據她瞭解，每個圓艙在內部都會有一串編號，為母發現路的圓艙編號是BB-00，也就是第一個Bridge Baby，而且後面的日期也顯示那是在十一年前Sam遇到虛爆的那一天。為母則勸Sam執著於過去不是什麼好事情，但現在又多了一條線索，想必Sam一定會追查下去。
回到船艦上，Tomorrow 跟Rainy在整理貨物時，Tomorrow 想安慰Rainy，所以說在我來的地方是沒有人生小孩的，他們都待在媽媽的肚子裡。但那也挑起Rainy不安的情緒，她反說道，在我們的世界，嬰兒會出生並長大成人。偶人也和緩道，Tomorrow來的地方是亡者的世界，那樣的地方是不會有孩子出生的。Tomorrow 也意識到自己說錯了話並向Rainy道歉。
據我的記憶，Tomorrow就只說過這兩句話來描述她長大的地方，希望幾年後的續作能說說更多Tomorrow 在另一個世界的回億，她是怎麼學會戰鬥的，怎麼學會生存的，怎麼長大的。
之後在一次麥哲倫號下潛時遭到機械章魚的阻擾，Higgs還突然出現在艦橋上劫持了Fragile，但很可惜Higgs並不知道Tomorrow 的存在，而Tomorrow再次在Higgs身上使用熟練的腐化能力，也讓大家發現Higgs是靠機甲回到現世的，他沒有肉體可以使用，沒有Deadman跟Heartman這樣的羈絆，那情況比較像是偶人，”Ka”也就是靈魂附在無機物上。而另一個關鍵是，Tomorrow 使用能力時，臉上也浮現跟Higgs一樣的金色液體痕跡，明顯表明Tomorrow 跟冥灘的深度連結。
被打敗的Higgs也只好用機械棺材再次遁逃，而Sam只能下船再去處理另一隻該死的大型機械章魚。
之後麥哲倫號在攻擊下擱淺在雪山區域，不但Sam要去取得關鍵替換零件，其他人也要外出去尋找原料，當然Tomorrow 也很興奮終於可以外出，擔心的Sam詢問Fragile他們OK嗎，Fragile說道可別忘了她是Fragile Express 的前老闆，Rainy跟Tomorrow也說他們是Dooms能力者，叫Sam照顧好自己就好。
President在其間再次偷偷聯絡Sam，不但說Charlie 身份可疑，也完全查不到他的資料，也說Drawbridge的資金其實來自Bridges，也就是政府方的金流。
而這一章Deadman突然藉著Heartman聯絡Sam，表示他查出BB-00的過去, 美國政府原本的計畫是只要準備一個核心BB就可以建立整個北美開若爾網路，而路就是那個核心BB，不過實驗結果不夠有效，於是就選了第二個計畫，犧牲九個BB來建立初期的開若爾網路，而路這個BB-00就被儲存了起來。
在之後Bridges打算把沒用上的BB-00銷毀，但Deadman卻發現Bridges有一個最高權限的帳號竄改了BB-00的紀錄，讓整個Bridges跟UCA相信BB-00已經銷毀了，而在之後路進而繼承了BB-28的序號。至於那個帳號的使用者其實就是Amelie（亞美利）。
之後，在Sam突破所有機甲的包圍並成功連接南邊環境觀測站後，Higgs又帶著新花樣來襲擊Sam，這次他在吉他上裝了開若爾火焰發射器，直接打了Sam一個措手不及，這種火焰會對開若爾物質起作用，所以每當Sam從生死交界回歸時，身上就會帶著大量的開若爾物質，導致開若爾火焰不會熄滅，偶人也被Higgs一腳踢到外面去，在Sam受著無盡的痛苦時，Higgs還提起Lucy背叛他的事，很明顯Higgs也知道隱情。
在這段劇情時小島還會讓玩家操控Sam在地上緩慢地往前爬，讓玩家對Higgs恨得牙癢癢卻又無法做甚麼，無力感油然而生。好在小島沒有折磨我們太久，很快Fragile就載著Tomorrow來營救Sam，而當Tomorrow徒手跟Higgs的吉他之刃搏鬥時，Fragile跪在旁邊也不知道該做甚麼來救Sam，令人訝異的是這一幕還顯示Tomorrow還有著驚人的防禦力，不管Higgs怎麼砍都只能造成皮肉傷，雖然如此，Tomorrow身上依然被砍得傷痕累累，但她類似BT的能力還是把Higgs狠狠的壓制住，一瞬間麥哲倫號也及時出現進行了火力支援，Higgs在搏鬥中扯了一把Tomorrow的頭髮就遁逃而去，而還好我們有Rainy的核心雨能力來撲滅Sam身上的火焰，但Tomorrow被扯走的頭髮想必會在之後帶來禍害。
在Sam療傷之際，偶人跟Tarman討論著Sam的狀況，偶人也決定該跟Sam談一談了，畢竟這一趟旅程也是Sam的療傷之旅，而我們也只剩最後一站終堡結需要連結，而在Sam醒來時也發現BB圓艙的異樣，Sam馬上就拿著圓艙跟偶人商量，偶人這時也說出真相，是Fragile希望偶人能幫忙Sam走出喪子之痛，但是Sam急著反駁道，路跟他才橫越整個澳洲大陸，並且想拿相片來證明，但Sam這時定睛一看卻發現照片裡的圓艙是空的，正如第一次偶人看到Sam所說的一樣，圓艙是空的，一直一來都是空的，而一路以來掃描器歐卓德克都是偶人在操縱的。Fragile在這時也走進來安慰Sam，並說希望Sam能好好活下去，畢竟她是目睹Sam在意外發生後反覆自殺跟酗酒的慘況。
Sam挫折的說，一直以來我都是一個人嗎？但Fragile則說死亡無法將我們拆散，無論如何，我們會一直陪著你。
偶人的過去其實也失去過孩子，他在生前其實是一名靈媒，妻子在一場焦油海嘯中喪生，最後變成了凝者，他的女兒當時希望能再見母親一面，於是他就帶著女兒跟妻子生前喜歡的音樂去事故點尋找妻子的BT，偶人也承認這是他這輩子做過最糟糕的決定，他們在當時馬上就被BT淹沒，但不知為何撞上岩石連同焦油被吐回現世，而女兒的靈魂則躲進了她最喜歡的玩偶中，偶人為了讓女兒能順利去彼岸，拼命鑽進了偶人的身體讓女兒的靈魂離開，於是從那時候他的KA就卡在玩偶中了，一直到Fragile發現他，才脫離躺在焦油裡等待解脫的日子。
第十章 Isolation ( 孤立 )
Sam在一次出發前往外面時，看著空的BB艙，這是這麼久以來，Sam真正意義上的獨自出發，他的生命旅程裡不斷地在失去親人，養母Bridget因癌症過世，形同姊姊的Amelie早已斷開連結，前妻Lucy的喪生，還有一直以來陪伴在旁的小路（Lou）被仇人Higgs所殺，在此之後我們也會發現Sam胸口不再帶著BB艙了，但還好Sam還有偶人的陪伴。
在連接F7北邊配送中心後，焦油瀑布又出現了，偶人也說這是最後一次了，一定要跟Neil搞清楚11年前的情況，畢竟Neil跟Lucy還有當時肚子裡的孩子，我們都還沒得知真相。